नेहरू युवा केन्द्र संगठन की संरचना चार स्तरीय है । सबसे उपर शासी बोर्ड है । युवा कार्यक्रम एवं खेल मंत्री, भारत सरकार इसके पदेन अध्यक्ष होते हैं । युवा कार्यक्रम एवं खेल राज्य मंत्री, भारत सरकार इसके वरिष्ठ उपाध्यक्ष होते हैं । इनके अलावा एक या दो उपाध्यक्ष, माननीय संसद सदस्य (लोक सभा एवं राज्य सभा) , मंत्रालय के वरिष्ठ अधिकारी एवं प्रख्यात समाज सेवी इसके सदस्य होते हैं । नेहरू युवा केन्द्र संगठन के महानिदेशक शासी बोर्ड के सदस्य सचिव होते हैं । नेहरू युवा केन्द्र संगठन के महानिदेशक, संगठन के प्रमुख है एवं संगठन के दैनिक कार्यकलापों को देखते है । नेहरू युवा केन्द्र संगठन 28 मण्डलों में बंटा है । मण्डल निदेशक, नेहरू युवा केन्द्र संगठन का मण्डल का प्रमुख होता है और वह मण्डल स्तर पर नेहरू युवा केन्द्रों के कार्यक्रम एवं नीतियों के सही प्रकार से कार्यान्वयन को सुनिश्चित करते हैं ।

जिला युवा समन्वयक राष्ट्री य सेवा कर्मियों एवं नेहरू युवा साथी स्वयं सेवकों के समूह की सहायता से कार्य करते है जिनका चयन एवं प्रशिक्षण युवा कार्यक्रम एवं खेल मंत्रालय की ओर से नेयुकेसं द्वारा किया जाता है ।

राज्य सरकार, गैर सकारी संस्थाओं एवं ग्रामीण स्तरीय जन संस्थाओं के समन्वय से नेहरू युवा केन्द्र युवा विकास का कार्य करता है । जिला स्तर पर युवा कार्यक्रमों के लिए एक जिला सलाहकार समिति जिला मजिस्ट्रे ट, उपायुक्त /कलक्टर की अध्यक्षता में बनाई जाती है । जिसमें जिले के विभिन्न विकास विभागों के अधिकारी इसके सदस्य होते हैं । युवा कार्यक्रमों के लिए जिला सलाहकार समिति जिला प्रशासन और नेहरू युवा केन्द्र के बीच समन्वय का काम करती है ।

नेहरू युवा केन्द्र संगठन ग्रामीण स्तर पर युवा मण्डलों के नेटवर्क एवं स्वयं सेवकों के सहयोग से अपने उद्देश्यों की प्राप्ति हेतु कार्यरत है । नियमित कार्यक्रमों, विशेष कार्यक्रमों और विभिन्न संस्थाओं के साथ समन्वय कार्यक्रमों के आयोजन से ग्रामीण युवाओं का सर्वांगीण विकास किया जाता है ।